Die Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg ist eine junge Universität. Sie wurde erst 1993 durch Vereinigung der Technischen Universität, der Pädagogischen Hochschule und Medizinische Akademie Magdeburg gegründet und ist neben der altehrwürdigen Martin-Luther-Universität Halle nun eine weitere Universität im Land Sachsen-Anhalt. Die Medizinische Akademie Magdeburg, also der Vorläufer der Medizinischen Fakultät, wurde im Jahre 1954 von dem namhaften Pathologen Prof. Dr. med. habil. Hasso Eßbach gründet. Die rechtsmedizinischen Obduktionen wurden zunächst innerhalb des Institutes für Pathologie durchgeführt und oblagen damals dem Oberarzt Dr. Friedrich Wolff und Frau Dr. Margot Laufer.

Im Jahre 1974 wurde der Gerichtlichen Medizin ein eigenständiges Institut zugeordnet, auf dessen Lehrstuhl Prof. Dr. Friedrich Wolff berufen wurde. Zeitgleich wurde ein toxikologisches Labor eingerichtet. Nach der Emeritierung von Prof. Wolff ging der Ruf an Herrn Prof. Dr. med. habil. Dieter Krause, der Schüler des international bekannten Prof. Dr. med. Dr. h.c. mult. O. Prokop. Das war auch die Geburtsstunde der hämogenetischen Arbeitsrichtung in Magdeburg. Seinerzeit wurden neben den klassischen Blutgruppen moderne Methoden zur Darstellung der Polymorphismen der Serumeiweiße und der Enzyme der roten Blutkörperchen (Subtypisierung durch isoelektrische Fokussierung) angewendet. Im Zuge der Etablierung der DNA-Systeme in die forensische Vaterschaftsuntersuchung und Spurenkunde stieß im Jahre 1991 der Biologe Prof. Dr. rer. nat. Reinhard Szibor zum Institut und festigte in den Folgejahren die DNA-Technologie auf höchstem internationalen Niveau. Prof. Krause leitete das Institut bis zum 30. September 2007. Danach wurde die kommissarische Leitung Herrn Prof. Dr. rer. nat habil. Reinhard Szibor übertragen. Prof. Szibor ging zum 01.10.2010 in den Ruhestand. Danach führte Herr OA Dr. med. Werner Kuchheuser die kommissarische Leitung des Institutes, bis seit dem 01.07.2011 Prof. Dr. Rüdiger Lessig die Amtsgeschäfte übernahm. Seit dem 01.01.2015 ist der Standort Rechtsmedizin Magdeburg dem Institut für Rechtsmedizin des Universitätsklinikums Halle zugeordnet.“

Das Institut bildet gemeinsam mit den Instituten für Pathologie und Neuropathologie das Zentrum für Pathologie und Rechtsmedizin. Die Institute befinden sich in einem Gebäude aus dem Jahre 1954. In den Jahren 1999 bis 2001 erfolgte unter Beachtung denkmalpflegerischer Gesichtspunkte eine umfassende Sanierung des gesamten Gebäudes. Seitdem verfügen die Institute über hochmoderne Laboratorien, Sektionssäle und Hörsäle.